Tras la muerte de S.S. Juan Pablo II, inició el cónclave para elegir a su sucesor, 115 cardenales menores de 80 años (tres de ellos mexicanos), se reunieron en la Capilla Sixtina, donde la chimenea anunciaría con la fumata blanca la elección de quien dirigiría la Iglesia católica. Luego de dos días de votaciones, la fumata blanca indicó que llegaba el Papa 265. El cardenal alemán Joseph Ratzinger, de 78 años, hasta ese momento decano del Colegio Cardenalicio y defensor ortodoxo de la fe católica, fue elegido el 19 de abril de 2006 como sucesor de Juan Pablo II, del quien fue su brazo derecho. Mons. Ratzinger será conocido como Benedicto XVI. «Queridos hermanos y hermanas, después del gran Papa Juan Pablo II, los cardenales me han elegido a mí, un simple y humilde trabajador de la viña del Señor. Me consuela el hecho de saber que el Señor sabe cómo hay que trabajar y actuar, incluso con instrumentos inadecuados», fue el mensaje de S. S. Benedicto XI.
El Papa Benedicto XVI el jueves 15 de septiembre 2005 recibió al segundo grupo de 23 obispos mexicanos de las Diócesis sufragáneas de Monterrey, Morelia y San Luis Potosí, entre ellos recibió a nuestro señor Obispo D. Mario De Gasperín Gasperín, y a Mons. Faustino Armendáriz Jiménez en ese momento Obispo de la Diócesis de Matamoros en visita «ad limina apostolorum».
En mayo de 2006 el Papa Benedicto XVI nombró al padre Carlos Briseño Arch, Obispo Auxiliar de México. Fue ordenado sacerdote en Querétaro el 27 de septiembre de 1986. Desde 2003 estaba en la comunidad agustina recoleta de Querétaro atendía tanto el Colegio Fray Luis de León como el Aspirantado San Pío X.
El 27 de noviembre de 2006 Mons. Rogelio Cabrera López, originario de la Diócesis de Querétaro es nombrado por Su Santidad Benedicto XVI, Primer Arzobispo de Tuxtla Gutiérrez.
En noviembre de 2006, el Santo Padre Benedicto XVI reestructura la organización de las provincias eclesiásticas de México y crea cuatro nuevas Provincias Eclesiásticas entre ellas: El Bajío, con la sede metropolitana de León; asignándole como sufragáneas las Diócesis de Celaya, Irapuato y Querétaro, y nombra Arzobispo Metropolitano de León a Su Excelencia Reverendísima Monseñor José Guadalupe Martín Rábago.
Su Santidad Benedicto XVI nombró nuevo Arzobispo para la Arquidiócesis de Tulancingo a S.E.R. Mons. Domingo Díaz Martínez, originario de la Diócesis de Querétaro y hasta entonces Obispo de Tuxpan. La noticia fue publicada oficialmente en L’Osservatore Romano, en Roma, la tarde del miércoles 4 de junio del 2008.
En septiembre de 2008 concede el título de Basílica Menor al Santuario de la Beata María Virgen Dolorosa de Soriano en Colón, en esta Diócesis de Querétaro.
Del 15 al 19 de junio de 2009 se llevó a cabo Curso de Formación Permanente para los Presbíteros de nuestra Diócesis en el Seminario Conciliar. En esta ocasión el tema fue sobre el pensamiento y magisterio de S. S. Benedicto XVI (Joseph Alois Ratzinger).
El 10 de julio de 2009, Su Santidad Benedicto XVI aceptó la renuncia al Gobierno Pastoral de la Diócesis de Cuernavaca de Mons. Florencio Olvera Ochoa, originario de la Diócesis de Querétaro, por rebasar la edad jubilatoria.
Su Santidad Benedicto XVI aceptó la renuncia al Gobierno Pastoral de la Diócesis de Querétaro, de S.E.R. Mons. Mario De Gasperín Gasperín y designó nuevo Obispo Residencial de esta Diócesis a S.E.R. Mons. Faustino Armendáriz Jiménez, en ese momento, Obispo de Matamoros. La noticia fue publicada en L’Osservatore Romano en Roma la tarde del miércoles 20 de abril del 2011.
En marzo de 2012 nuestro país recibió con los brazos abiertos a Su Santidad Benedicto XVI. Su mensaje de paz y esperanza fue cálidamente recibido.
En los albores del Año de la Fe, el 3 de octubre de 2012 Su Santidad, Benedicto XVI nombró a Mons. Rogelio Cabrera López como nuevo Arzobispo de Monterrey.
El 11 de octubre de 2012 inicio un año muy importante para la vida actual y futura de Iglesia: El Papa Benedicto XVI, en su Carta apostólica Porta Fidei promulgada en octubre de 2011, pidió que los católicos dediquemos un año entero a profundizar en nuestra fe, como una conmemoración activa del Cincuenta Aniversario de la apertura del Concilio Ecuménico Vaticano II y el Veinte aniversario de la Publicación del Catecismo de la Iglesia Católica. Este año de gracia terminará el 24 de noviembre del 2013 en la fiesta de Cristo Rey.
Su Santidad el Papa Benedicto XVI aceptó el 22 de diciembre de 2012 la renuncia, por motivos de edad, del arzobispo de León (México), S.E.R. José Guadalupe Martín Rabago, y nombró como su sucesor a S.E.R. Alfonso Cortés Contreras.
Pbro. Francisco F. Gavidia Arteaga