La vida de la Iglesia en México tuvo sus primeras manifestaciones en la obra de los sacerdotes regulares y seculares que acompañaron a los primeros expedicionarios. Así ya desde un principio estuvieron: Padre Juan Díaz, quien participó en la expedición de Juan de Grijalva. Fray Bartolomé de Olmedo, Mercedario, Capellán de Cortés. Primer evangelizador de México. Cuando el conquistador consolidó el dominio español, llegaron:
Los primeros franciscanos:
- Fray Pedro de Gante
- Fray Pedro de Moore (notable educador)
- Fray Juan de Tecto
- Fray Vander Auwera
- Fray Juan de Aora
- Fray Juan Dekkers
Texcoco fue su primera sede. ( Su acción permitió que se iniciará de modo sistemático la cristianización de los indios). Más tarde arribaron otros eclesiásticos, y puede decirse que el establecimiento de la obra de la Iglesia se debió al clero regular, mientras al clero secular se debió el mantenimiento de la tarea. Hernán Cortés pidió al Rey que los misioneros que vinieran a propagar la fe fueran frailes.
- Fray Martín de Valencia, primera autoridad eclesiástica que hubo en Nueva España, jefe de un grupo de doce franciscanos que llegaron a México el 13 de mayo de 1524. Al ostentar el título de custodio quedó en consecuencia al frente de los trabajos eclesiales, le acompañaban:
- F. Francisco de Soto
- F. Martín de la Coruña
- F. Juan de Juárez
- F. Antonio de Ciudad Rodrigo.
- F. Toribio de Benavente
- F. García de Cisneros.
- F. Luis de Fuensalía
- F. Juan de Rivas
- F. Francisco Jiménez
- F. Juan de Palos
- F. Andrés de Córdoba.
Una vez tomada la Gran Tenochtitlán, sede del imperio Azteca, el 13 de agosto de 1521, los españoles iniciaron el largo y complejo proceso de pacificación del territorio y de sus habitantes. No tardaron los españoles en extenderse hacia las regiones circunvecinas, tenían suficiente entusiasmo entonces como para no detenerse en emplear toda clase de crueldades con la población indígena. Sabedores de esto, los nativos no tardaron en reacomodarse dentro del territorio.
A «Iztac-Chichimeca-Pan», (tierra Blanca de Chichimecas), fueron a asentarse núcleos indígenas provenientes de Xilotepec, Tula y Tepejí. Dirigidos por el otomí Juan Mexici, los nuevos habitantes del lugar ocuparon un sitio en el que, por un lado, del norte los beliciosos chichimecas mantenían siempre latente la amenaza de sus ataques; por el otro, mientras tanto, avanzaban los españoles desde sur, acompañados por soldados y jefes del principado de Xilotepec, amigos y parientes de lo que ya están viviendo en esta tierra.
Conín y Andamaxei:
Antes de la fundación de Querétaro, posiblemente a la caída de la Gran Tenochtitlán, los puestos avanzados que tenían los aztecas en territorio de Querétaro, quedaron desguarnecidos y sus moradores a merced de los chichimecas bárbaros, por lo cual es probable que hayan ido a refugiarse a las cuevas que están en unos cerros de la Cañada. En esas cuevas CONIN (cuyo nombre en otomí significa «ruido». era «pustecatl», que en mexicano quiere decir mercader, y antes de poblar Querétaro, traía sus mercancías a tierras de indios chichimecas, que no reconocían vasallaje a nadie y vivían en estado nomádico.) Se asentó por varios años junto con sus familiares y parientes y un crecido número de otomíes que también huyeron de las conquistas de los españoles a refugiarse a ese lugar. Cuentan las crónicas que ahí tenían un cercado hecho de unas paredes bajas en donde jugaban a la pelota, y ese juego de pelota le llamaban en otomí «mexei», y que de ahí provino que a Querétaro en esa lengua se le llamara «ANDAMAXEI», que quiere decir «EL MAYOR JUEGO DE PELOTA» Se dice también que llamaron así porque las peñas de la Cañada a donde pobló primeramente Conín… tenía las características y hechura del cercado a donde jugaban a la pelota.
El indio Conín llevaba algunos años cultivando buenas relaciones con los chichimecas, a los cuales pagaba cierto tributo en maíz, frijoles y chile por el año de 1529. En la Relación de Querétaro de Hernando de Vargas, hecha el año de 1582, se dice que vino a la Cañada un caballero llamado Hernán Pérez de Bocanegra que tenían en encomienda el pueblo de Acámbaro y trajo en su compañía algunos indios de dicho pueblo los cuales pusieron el nombre de «Querenda» al lugar donde residía Conín. Este nombre de origen tarasco significa «peña», y le fue puesto tal vez por las grandes peñas que se encuentran en esos cerros. Así pues, la termología del nombre de Querétaro, de origen tarasco, es más bien la de «Lugar de Peñas». Los españoles cambiaron el vocablo y le llamaron Querétaro. Don Hernán Pérez de Bocanegra empezó a hacer regalos al indio Conín al cual dijo que fuera su vasallo como lo eran los de Acámbaro; el indio lo tuvo por bien y así le empezó a reconocer por Señor, para ello les predicó el Evangelio y los persuadió de que se volvieran al cristiano a lo cual se sometió gustoso Conín, Pérez de Bocanegra partió para la provincia de Michoacán a traer un religioso que andaba en ella bautizando e instruyendo a los indios. Los chichimecas de la región quisieron matar a Conín y a los otomíes que con él estaban en la Cañada. Conín los apaciguó con buenas razones y los convenció para que se sometiesen a los españoles. Habiendo regresado Pérez de Bocanegra trajo consigo al religioso franciscano, que posiblemente fue FRAY ALONSO RENGEL. El cual recibieron los indios muy bien, por lo que el fraile comenzó a bautizar a los otomíes y a los chichimecas y puso por nombre al indio Conín FERNANDO por el encomendero Pérez de Bocanegra y por apellido DE TAPIA, uno de los capitanes de Hernán Cortés.