Para lograr la pacificación de esta zona se envió por el año de 1715 al General Gabriel Guerrero de Ardilla y aunque logró derrotar a los indios chichimecas y pactar la paz esta no fue estable. Don Joaquín de Aguirre, Alcalde Mayor del Mineral de Zimapán, en el año de 1711 solicitó con urgencia del Gobierno Virreinal, se pusiera pronto remedio a la gravísima situación creada por los indios de la Sierra Gorda y por los forajidos entre ellos refugiados, que bajaban de dicha sierra a robar y matar a las regiones circunvecinas. Era pues ineludible que el gobierno español tomara medidas radicales para exterminar «el manchón de ignominia» que amenazaba con extenderse más y más en el territorio del virreinato.
A principios del Siglo XVIII había llegado a radicarse a la ciudad de Querétaro don José Escandón y Elguera, en 1741, se le extendió el nombramiento de Teniente de Capitán General de la Sierra Gorda y sus fronteras, haciendo el año siguiente cuatro entradas en la sierra. Por fin en el año de 1748, don José de Escandón libró la batalla definitiva contra los chichimecas.
Aun cuando se había dado fin a un estado secular de rebelión y depredaciones, era necesario llevar los beneficios de la civilización a aquellos indígenas, inculcándoles los principios de la religión y enseñándoles a vivir en comunidades, en donde aprendieran un oficio o la agricultura. La obra civilizadora de los pames y chichimecas de la Sierra Gorda se había encomendado desde mucho tiempo antes a los Padres Franciscanos que quisieran voluntariamente misionar entre los indio. Ya efecto de prepararlos debidamente fue que se crearon en el año de 1682 los Colegios de Propaganda Fide, que siendo independientes de cualquier provincia o custodia, debían preparar misioneros que se dedicaran a la conversión de los indios, estando estos colegios sujetos directamente al Comisario General de los franciscanos de las Indias que residía en Madrid.
El primer Colegio de Propaganda Fide que se creó en América fue el de la Santa Cruz de Querétaro, fundándose más tarde el de Guadalupe de Zacatecas y después el de San Fernando de México, el de Pachuca y el de Zapopan. El Colegio de la SANTA CRUZ DE QUERÉTARO, que había sido fundado con la mira primitiva de conquistar la Sierra Gorda, no pudo llegar a realizar semejante conquista, en virtud de que las misiones estaban a cargo de los Padres Agustinos y de los Dominicos.
En atención al aparente fracaso de los AGUSTINOS Y DOMINICOS en las misiones de la Sierra Gorda, el Virrey Conde de Fuenclara, por decreto de 23 de junio de 1743, encomendó la conquista y la colonización de la Sierra Gorda a don José de Escandón, que la tomó a su cargo, haciendo campaña contra los pames y chichimecas, que como ya vimos, culminó con la derrota de estos, lo que marcó el fin guerrero de esta nación. El Virrey con la recomendación de don José de Escandón, ordenó la remoción de los misioneros agustinos de sus misiones de la Sierra Gorda, y en su lugar se fundasen ocho nuevas misiones, tres a cargo del APOSTÓLICO COLEGIO DE PACHUCA DE LA ORDEN DE SAN FRANCISCO y las otras cinco por el APOSTÓLICO COLEGIO DE SAN FERNANDO DE MÉXICO DE LA MISMA ORDEN.
En marzo de 1744, aceptó el COLEGIO DE SAN FERNANDO la administración de las cinco misiones. Recibido por Escandón el decreto en que se le comisionaba para la fundación de nuevas misiones y remoción de ministros en otras de las ya fundadas: LOS RELIGIOSOS DE SAN FERNANDO nombraron Comisario a FRAY JOSÉ CORTES DE VELASCO, quien se internó en la Sierra con D. JOSÉ DE ESCANDÓN. El 23 de abril de 1744, fue destituido el agustino P. FRAY LUCAS CABEZA DE VACA, Y FRAY PEDRO PÉREZ DE MEZQUIA a nombre del Colegio de SAN FERNANDO recibió la MISIÓN DE JALPAN Y SUS TIERRAS, todo en mal estado de JALPAN.
Siguió ESCANDON A CONCÁ, donde fue establecida la misión fernandina, bajo el título de SAN MIGUEL, la fundación tuvo lugar en los días 25-27 de abril de 1744. Después, la partida fundadora se dirigió a LANDA y el 29 de abril, fue establecida allí la MISIÓN DE LA PURÍSIMA CONCEPCIÓN, en el paraje denominado Agua de Landa. La MISIÓN DE SAN FRANCISCO DE TILACO, fue fundada el 1 de mayo de 1744, bajo el título de NUESTRA SEÑORA DE LA LUZ, fue fundada el 3 de mayo , la última misión del grupo Fernandino: TANCOYOL.
Cabe señalar que las misiones se componían de jacales que servían de Iglesia y convento. Así quedaron establecidas las cinco misiones del Colegio de san Fernando. Sus métodos de evangelización y civilización alcanzarían notable éxito en muy poco tiempo. Escandón dejó en la Sierra para acabar de componer aquellas misiones al P. FRAY PEDRO PÉREZ DE MEZQUIA. Los primeros años fueron difíciles: De los diez religiosos fundadores, cuatro murieron a causa del clima y tres enfermaron. Los fernandinos tuvieron que pedir ayuda a los Colegios de Querétaro y Zacatecas, de donde venían religiosos que se quedaban sólo seis meses, en tan poco tiempo los misioneros no pudieron aprender el idioma Pame lo que fue motivo de gran atraso, estando a punto de fracasar toda la empresa. Muchos indios habían fallecido a causa de epidemias, había muchas deserciones; la causa quizá era la inclinación a vivir con libertad.