Don Francisco de Caraza en 1691 y en 1704 continuó en la tarea de pacificación de la Sierra Gorda queretana, lo que no logró alcanzar, viéndose obligado a continuar la lucha muriendo en acción. Los misioneros franciscanos sin dar explicación a las autoridades de la Nueva España, abandonaron el 4 de abril de 1684 definitivamente las misiones de Maconí, Las Ranas, daconí , San Juan Tetla, La Nopalera, Santiago el Palmar y San José del Llano, a las que solían acudir una mil personas. El 14 de mayo de 1685 por Real Cédula se encomendó a FRAY FELIPE GALINDO CHAVEZ Y PINEDA Y A LOS RELIGIOSOS DE LA ORDEN DE SANTO DOMINGO, se encargaran de las misiones de la Sierra Gorda y se ordenó al Alcalde mayor de Querétaro, que procediese a las diligencias de separación de tierra de dichas misiones. En diciembre de 1687, Fray Felipe Galindo tomó posesión de las misiones de El Doctor, Ahuacatlán, Pungunguía, Coatlán, El Potrero, La Laja, Cerro Gordo, San Miguel Palmas, San José Vizarrón; Zimapán, Hgo. y Santa Rosa Xichú, Gto., preocupándose de manera particular por la conversión de los infieles, por lo cual emprendió una larga gira misional a través de la Sierra Gorda, la cual recorrió casi en su totalidad, bautizando innumerables habitantes de dicha región y fundando, a la vez, ocho misiones en los terrenos de la Sierra. Su actividad misional se extendió a otros lugares de la Nueva España y, para que su obra fuera duradera, fundó los conventos de Santo Domingo en Sombrerete, Querétaro y San Juan del Río. FRAY FELIPE GALINDO no pudo terminar su obra porque fue promovido para Obispo de la Nueva Galicia (hoy Guadalajara) en 1695. (17 Ene 1695 – 17 Mar 1702).
El 14 de mayo de 1685 por Real Cédula se encomendó a FRAY FELIPE GALINDO CHAVEZ Y PINEDA, Y A LOS RELIGIOSOS DE LA ORDEN DE SANTO DOMINGO, se encargaran de las misiones de la Sierra Gorda. En los primeros años del siglo XVIII los chichimecas se resistían a la vida civilizada y cristiana, vivían constantemente recelosos y temeroso de que los capitanes españoles en cualquier momento los ejecutasen aprovechándose de que estaban reunidos en las Misiones. Los Capitanes de frontera cometían muchos crímenes contra los indios chichimecas. los Capitanes, sobre todo Francisco de Cárdenas y Antonio de Olvera, eran inhumanos y crueles; no sólo hicieron odiosa la religión a los indios jonaces, con malos tratos y asesinatos, sino que amargaron la vida a los misioneros dominicos que atendían las misiones.
En este ambiente de crueldad era imposible que pudieran florecer las misiones, ni que los indios vivieran tranquilos en ellas; lo que hacían los misioneros los deshacían los militares y algunos cristianos no militares. Los indios, no sintiéndose seguros se remontaron a la Sierra, su refugio inexpugnable. Resentidos profundamente por los agravios recibidos y deseosos de venganza parece que se conjuraron para cometer toda clase de tropelías en personas, haciendas y pueblos con tal furor, que pusieron en jaque a todos los habitantes del contorno no permitiéndoles vivir tranquilos, los militares no pudieron someter a los indios, los misioneros los sometían por su bondad. No se puede negar que las Misiones de los PP. Dominicos, no llegaron a desarrollarse y consolidarse, como las misiones de los franciscanos en torno a Jalpan.
Los Padres de la Orden de los Predicadores sufrieron mucho, sobre todo persecuciones de los militares y hacendados; tenían verdadero espíritu misionero; a los indios siempre supieron apreciarlos y quererlos, eran religiosos de probada virtud y de gran celo por la salvación y bienestar de los indígenas. es cierto, no construyeron Iglesias grandes y artísticas, como las cinco misiones franciscanas. Su obra por la PROMOCIÓN DE LOS INDÍGENAS FUE GRANDE. No Pensemos que su obra misional fue fracaso y menospreciemos su obra. (La joya más preciada y testimonio de su presencia y labor en la Sierra Gorda es la Imagen de Nuestra Señora de los Dolores de Soriano). Por todas estas razones los indios abandonaron las misiones, quemando las iglesias y casa y fue para sujetar a estos indios que se envió, como ya se ha dicho, al teniente De Capitán General don Francisco de caraza, alcalde de Crimen, perdiendo la vida en la empresa.