Don Juan Sánchez Alanís vino como criado del encomendero Hernán Pérez, vino de Castilla, lego, casado, de capa y espada y habiendo enviudado en esta provincia en que no dejó descendencia. Es muy improbable que durante la época de la conquista y fundación de Querétaro se hubiera ordenado sacerdote, porque no se le confieren actividades misioneras o evangelizadoras, lo más probable es que muchos años después se hubiera ordenado sacerdote y después haber sido cura de Xichú , en donde pudo haber predicado el Evangelio a números indígenas chichimecas. Fue sujeto muy importante en la conquista y pacificación de Querétaro, se había quedado en la Cañada al lado de Fernando de Tapia, por instrucciones del encomendero Hernán Pérez de Bocanegra, con el fin de preparar la conquista y pacificación del territorio de los chichimecas.
Las noticias que recibían los otomíes de la fertilidad de las tierras del valle de Querétaro, los trajeron a ese lugar en gran número, por lo cual Fernando de Tapia y Sánchez de Alanís, acordaron fundar un nuevo pueblo en el feraz valle que se extendía adelante de la Cañada, lugar que se encontraba infestado de chichimecas bárbaros.
Don Fernando de Tapia fue a Xilotepec y ahí concretó con mucho amigos y parientes el salir a conquistar, no sólo a los de su nación otomí que se mantenían en la gentilidad, sino a todos los chichimecas que habitaban en los montes como fieras. Don Fernando, para organizar la expedición que había fraguado, solicitó el correspondiente permiso de la real Audiencia de México. No fue difícil para él obtener favorables despachos para llevar a cabo sus designios, y con la autorización de la Real audiencia, le fue otorgado además el título de Capitán General de Chichimecas. Habiendo hecho alianzas con algunos caciques de Xilotepec y Tula que se ofrecían voluntarios a acompañarlo, con sus fuerzas compuestas de otomíes armados de arco y flecha y sus capitanes de espadas y armas de fuego, se pusieron en orden y proveídos de bastimentos, comenzaron su jornada, haciendo alto en el lugar donde está ahora el pueblo de San Juan del Río.
Fundación
El encomendero español, Hernán Pérez de Bocanegra, fundó Acámbaro y lanzó a sus pacificadores hacia Huimilpan; entre sus aliados se encuentran jefes soldados del principado de Xilotepec. En Xilotepec se forma la expedición, llegan a Iztac-Chichimeca-Pan, Mexici como principal del poblado acepta someterse a España con todo lo que esto implica, fue bautizado. No hubo derrame de sangre. Los pacíficos habitantes de esa pequeña población nunca podrían rivalizar con la enorme cantidad de pacificadores, en el caso de que sus intenciones dejaran de ser pacíficas. El sometimiento implica además, el cambio de una fe a otra. La columna cristiana entró a lo que ahora es el centro de la población el 24 de junio de 1531, se fundó el pueblo y en virtud del caudaloso río que pasaba a sus orillas y por ser día de san Juan debía llamarse el pueblo de San Juan del Río.
Es aquí en san Juan del Río, donde se dio inicio a la colonización la colonización y evangelización de la parte occidental y norte de la Nueva España. La última semana de julio, el ejército sale rumbo al poniente apara dirigirse al pueblo grande (Andamexei), y se convertirá en el nuevo enclave cristiano con el nombre de Santiago de Querétaro, y después será fundado San Miguel, Xichú y Zacatecas. De San Juan del Río mandó Don Fernando de Tapía unos emisarios que fueron a confeccionar con Don Juan Criado, que era el cacique principal de las tribus chichimecas. Como ya estaba concretada con anterioridad la conquista pacífica por Fernando de Tapía y Juan de Alanís, cuando convivieron con los chichimecas y otomíes en la Cañada, solamente se trató de darle cierta forma para que la sumisión y la conquista no apareciera efectuada sin lucha y victoria. Para ello convinieron en simular un combate cuerpo a cuerpo, en el que no se usaron las armas, sino solamente a brazo partido. La conquista de Querétaro empezó en 1522 por indios bautizados, al mando del cacique de Jilotepec (descendiente de Moctezuma), llamado después del bautismo don Nicolás de San Luis Montañés, quien se titulaba a sí mismo «Capitán General por el Rey nuestro Señor, conquistador, fundador y poblador de estas fronteras chichimecas de la Nueva España». Los chichimecas, capitaneados por dos indios llamados (según Nicolás de San Luis) don Lobo y don Coyote, no quisieron ceder a las proposiciones de paz. Entonces don Juan Naubia, cacique cristiano, sugirió una manera noble y curiosa de pelear y fue que, puestas las armas al pie de la cruz que habían levantado en el cerro del Sangremal (donde hoy está el Convento de la Santa Cruz de los Milagros), quedando en guardia de ellas los chichimecas, el resto desarmado ya, saliese a hacer la guerra «a puñetazos y a mordidas como los gallos contra los enemigos que vendrían también sin armas». Esta singular batalla tuvo lugar el año 1522 y se decidió en favor de los cristianos. (La Conquista de Querétaro, por D. Valentín Frías).
Sin embargo, la completa conquista de la Ciudad de Querétaro se consumó hasta el 25 de julio de 1531 y es tradición popular, trasmitida en la Crónica Seráfica y Apostólica de la Santa Cruz de Querétaro (escrita por Fray Domingo de Arrecivita), que en la batalla se apareció el glorioso Apóstol Santiago, armado y peleando en favor de los cristianos. El historiador Padre Mariano Cuevas, S.J. (Historia de la Iglesia en México, t. 1, pág. 167) recuerda esta tradición popular «sin dar, dice, nuestro juicio sobre la verdad intrínseca de los hechos».