El papa beato Pío IX, el 26 de enero de 1863, firmó la Bula Pontificia titulada: “Deo Optimo
Máximo”, con la que creaba la nueva Diócesis de Querétaro. Y junto con ello previó la fundación del Seminario. El día 7 de febrero de 1864, en la Iglesia Parroquial de Santiago de la ciudad de Querétaro, se erigía la nueva Diócesis, presidido por el subdelegado pontificio, en el que se leyó el Decreto de erección diocesana, así como el nombramiento del primero Obispo electo, el Excmo. Sr.
Dr. don Bernardo Gárate y Arizmendi.
El 29 de enero de 1865, en la Ciudad Episcopal de Santiago de Querétaro, fue recibido el
Ilmo. y Rvmo. Sr. Dr. D. Bernardo Gárate, primer Obispo de la Diócesis. Entre los primeros
asuntos a tratar fue la creación del colegio Seminario, de acuerdo a lo mandado por el papa Pío IX en la Bula.
Fue así que en el templo de san Antonio, el glorioso jueves 2 de marzo del referido año, el Obispo don Bernardo Gárate, presidió la solemne Misa de fundación y por la tarde en el anexo del edificio a las ocho de la noche, tuvo lugar el acto solemne de la inauguración del Seminario diocesano.
El señor Obispo don Bernardo Gárate, dio por Titular y Patrona Principal a la Virgen María,
comenzándose a llamar: Seminario Tridentino de Nuestra Señora Santa María de Guadalupe de Querétaro. Además de tener como patronos secundarios a santo Tomás de Aquino, san Juan Nepomuceno y san Luis Gonzaga.
Su primer rector fue el Pbro. Manuel Castro y Castro, para el curso académico de 1865, fui iniciado con diez y seis alumnos.
El lema de dicho colegio seminario es: Melior est sapientia quam vires: vir prudens quam fortis. “Mejor es la sabiduría que la fuerza, hombres prudentes que fuertes”.
El día 20 de septiembre de 1923, fue estrenado el himno de esta venerable Institución, compuesto e inspirado por la letra del muy Ilustre Sr. Canónigo Dr. Salvador Septién y la música del Sr. Canónigo Pbro. Cirilo Conejo Roldán.
Fuente bibliográfica: DE LA ISLA Ezequiel,
Historia del Seminario Conciliar de Nuestra Señora de Guadalupe de Querétaro, primera parte 1865-1915; Monografías Históricas de la Diócesis de Querétaro, Colección Primer Centenario 1863-1963, JUS, México 1964.